北京農學院圍繞首都新農村建設建立了組織保障機制、人才培養機制和科技研究推廣機制。

北京農學院擔負著為首都經濟社會發展服務特別是為郊區經濟發展提供人才支持和智力支撐的重任。學校將服務首都新農村建設視為提高學校辦學水平、增強綜合實力的難得機遇，從制度入手，建立和完善服務新農村建設的組織保障機制。

為此，學校黨委下發了“北京農學院服務社會主義新農村建設的實施意見”，成立了服務新農村建設領導小組，黨委書記、院長擔任組長，主管科研和教學的副院長擔任副組長，成員包括科研處、組織部、宣傳部、教務處及有關各系黨政一把手。每年年初，領導小組確立年度重點工作折子工程，單位一把手為第一責任人。成立專業的服務新農村建設職能單位在全國農業高校具有自己的特色。制定《北京農學院教師服務新農村建設工作量考核實施細則》，建立健全教師服務首都新農村建設的跟蹤評價和建立激勵機制。對服務首都新農村建設的教師分為三個層面，即科技興農、教育興農、宣教興農，充分發揮每一個教師的優勢和特長，并納入教師的年度考核。組織部已形成一套較為完整的組織、管理、落實、考核和監督機制。

結合首都都市型現代農業的特點，構筑在校生人才培養新機制。主動適應首都和社會經濟發展的需要，以提高教學質量為核心，以調整專業結構和拓展新專業為重點，以改革教學內容與課程體系為切入點，努力構筑復合型、應用型的人才培養機制。為此，學校構建了植物科學學科群等體現都市型現代農業發展的五個學科群；通過現代生物技術、信息技術和管理技術改造提升傳統專業，不斷豐富充實學生的知識層面；通過建設和發展校內外實踐教學基地，構建了“實踐教學四年不斷線”的實踐教學體系，培養學生實踐能力和創新能力。構筑了多層次的農村人才培養機制。先后實施完善了“1+1+X”科技培訓工程體系和大學生“村官”培訓體系。此培養模式2006年度被北京市委組織部評為組織工作創新三等獎，被北京市科委、北京市科協列入2007年度在全市重點推廣的農民培訓模式。

建立推廣教授制度，實現學校研究成果的有效轉化。確定了推廣教授和教師駐村鎮“掛職”的工作機制。選聘經驗豐富、水平較高的教授為推廣教授，攜技術下鄉，與地方結合，共同組成現代農業適用技術推廣隊伍。2007年，在推廣教授陳學珍為組長的專家組指導下，種植彩色紅薯比種植常規紅薯同比增收30%以上。小麥育種專家組在密云進行冬小麥旱作擴大實驗，種植范圍從2005年200畝擴大到2007年的6500畝。創新農業科技推廣模式，促進學校科學技術研究的開展，從而更好地服務新農村建設。建立了“一系帶一鎮”、“一系帶一村”等模式，這一模式使學校科技推廣工作更具有針對性，科學研究更具有實用性。植物科學系在市農業局、民進北京市委、市農委等支持下，組織專家教授在門頭溝龍泉務村建設生態園，其山野菜等功能性蔬菜技術開發取得了階段性成果，并推動第二階段生態園的建設。

    同時，確立了以服務門頭溝區龍泉鎮龍泉務村、昌平區興壽鎮、平谷區大華山鎮蘇子峪村、延慶縣四海鎮、延慶縣康莊鎮、房山區張坊鎮等六大基地建設為服務新農村建設工作重點，并充分發揮基地的示范效應，加快科學研究的力度。北京農學院園林系專家在四海花卉基地指導東方百合無病毒種球生產的同時，完成了百合種球脫毒技術成果，并把該技術應用到實際生產中，從而取得了240萬的經濟效益。目前，四海鎮的花卉種植面積已達到3050畝，占全鎮耕地面積的30%。